Orígenes y motivación (1903-1909)
En 1892, mediante un Decreto Legislativo, se autorizó a la Municipalidad de Machala a construir un ferrocarril en la provincia de El Oro. La línea debía partir desde Puerto Bolívar y llegar hasta Machala y Pasaje, entonces los principales centros poblados de la zona. La obra se financiaría con un impuesto especial sobre el café, el cacao, el banano, el tabaco y el aguardiente. El proyecto quedó bajo la dirección de una Junta de Ferrocarriles y respondía a la petición de las poblaciones del cantón Machala, que necesitaban una salida rápida y económica hacia el mar.
Inicio de las obras (1893-1895)
En 1893 el Municipio contrató al ingeniero inglés Azahel Dana Piper. Las obras debían arrancar desde un muelle destinado a la carga y descarga de embarcaciones. Sin embargo, los trabajos se suspendieron hasta marzo de 1894. En 1895 la dirección pasó al ingeniero francés Gastón Thoret, amigo personal del general Eloy Alfaro, quien retomó la construcción de los terraplenes desde Puerto Bolívar con la ayuda de su asistente Antonio Troyani. El gobernador de la provincia, Antonio Jurado, respaldó el proyecto por su importancia para una zona de gran producción agrícola.